Monfragüe debe su nombre a sus antepasados romanos, que lo denominaron mons fragorum (monte denso). En 1988 Monfragüe fue declarada zona ZEPA y en julio de 2003 la UNESCO reconoció a Monfragüe como reserva de la Biosfera.
A pesar de que durante la década de 1990 hubo iniciativas para incluir a Monfragüe en la Red de Parques Nacionales, no fue hasta 2007 cuando fue declarado Parque Nacional, cuando prosperó la iniciativa del gobierno de Extremadura cursada en enero de 2006.