La abadía fue fundada en 1169 y las obras continuaron hasta principios del siglo XIII.
En su época de esplendor, contaba con seis prioratos, incluyendo San Martín de Pereda en tierra de Riaño en León que había sido fundado por el conde Fernando Flaínez y años después de su muerte, en 1171, donado por un miembro de su linaje, el conde Fruela Ramírez, y por su esposa la condesa Urraca González, a la abadía.5 Recibió varias donaciones de miembros de la parentela Flaínez.
Con la desamortización de Mendizábal en 1835, los monjes perdieron la propiedad del monasterio. Fue casi demolido en su totalidad a pesar de los esfuerzos de Valentín Carderera y de la Comisión Central de Monumentos para salvarlo. La mayoría de la documentación del monasterio se conserva en el Archivo Histórico Nacional.
Varios restos de sepulcros se encuentran en los museos arqueológicos de León y de Palencia.